Sehenswürdigkeiten
Der Altarraum hat zwei Nischen für den Platz des Tabernakels (rechts) und für das Evangelienbuch (links) [Wort und Sakrament]. Ambo und Volks-Altar stehen gleichwertig nebeneinander; der Priestersitz ist vorne in der Mitte der Stirnwand.



Das Altarbild stellt die Anbetung der Heiligen Drei Könige dar, gemalt vom Kapuziner Cosmo Piazza im Jahre 1606, darunter links die wunderbare Brotvermehrung, rechts die Hochzeit von Kana, ein Schnitzwerk des akadem.Bildhauers Franz Staud aus dem Jahre 1949; in der Mitte (über dem Priestersitz) steht das Kreuz, umwunden von einem Traubengerank.



Die zwei Holzplastiken stellen den hl.Franziskus (links/Ordensgründer) und den hl.Märtyrer Fidelis (rechts/Provinzpatron) dar. Hinter dem Hochaltar ist der Gebetsraum der Kapuziner.
Das gesamte Ausstattungskonzept des Kirchenraumes (gestaltet von Prof. Pöhacker) ist auf Holz-Inventar ausgerichtet, im Sinne franziskanischer Einfachheit, dazu das schmucklose Tonnengewölbe.
Links neben dem Kircheneingang ist die Marien-Kapelle mit dem Lukas-Cranach-Bild "Maria lactans" (die stillende Mutter Jesu), gemalt zwischen 1525 und 1530, in der Kapuzinerkirche seit 1629 (somit das älteste öffentlich verehrte Marienbild in Innsbruck!)

Im Zusammenhang mit der Marienkapelle steht (in der Ostwand) die Grab-Nische des heiligmäßigen Kapuziner-Laien-Bruders Thomas von Olera, Bergamo, gestorben am 3.Mai 1631 in Innsbruck.Die Ausschmückung der Gedenkstätte wurde vom italienischen Künstler Maurizio Bonato besorgt.
An der Südwand des Kirchenraumes ist ein holzgeschnitzter Kreuzweg mit 15 Stationen angebracht (von Strbibanik, +1993); zwischen den beiden Kirchenfenstern Bilder einer siebenteiligen Arbeit von Maurizio Bonato, mit dem Thema "Das Leben des hl.Franziskus".

Der Kirchenboden ist aus handgeschlagenen grauroten Ziegeln (Bodenheizung); in der Gang-Mitte erinnern die Jahreszahlen 1705/1782 an eine ehemalige Gruft, in der 123 Kapuziner begraben sind. Epitaphe von zwei Generälen sind an der Innenseite der nördlichen und südlichen Kirchenwand erhalten. Seit 1783 befindet sich der Friedhof im Klostergarten.

Beichtstuhl und Beichtzimmer an der Nordseite; daran anschließend die Sakristei.
Empore: mit Holzleimbinder-Brüstung, Orgel (1996) von der Fa. Pirchner aus Steinach a.Br.
Eremitage: 1615 wurde an die Nordseite der Kirche eine Einsiedelei für Erzherzog Maximilian III., Landesfürst von Tirol 1602-1618, angebaut, samt einer Betkammer für Anna Katharina. (Besichtigung nur nach Absprache mit dem Denkmalamt möglich!)